Capilla San Rafael
Esta capilla es, junto a la de San Juan de Dios, una de las más destacadas de la Basílica. Los retablos de ambas capillas son gemelos en cuanto a forma y están rematados por una corona imperial terminada en una cruz.
Esta Capilla está presidida por una imagen del Arcángel San Rafael. A sus pies podemos contemplar una talla de Bernardo de Mora representando a la Virgen niña. En los fondos del muro se observan dos conseguidos lienzos con bastidores ricamente tallados. Uno representa a San Ildefonso recibiendo la casulla
de Nuestra Señora, obra de Sánchez Sarabia. El otro indica la apoteosis de San Juan de Dios de Cámara, pintado por Carlos Morata. También se pueden apreciar en el retablo, sobre esbeltos recibimientos, las esculturas de San Jerónimo y San Ambrosio, perfecto remate para el conjunto del retablo.
Junto a la capilla resalta el imponente púlpito, en madera dorada tallada con cantidad de incrustaciones de espejos. Es obra, al igual de que los retablos de las capillas, de José Francisco Guerrero.
Capilla San Juan de Dios
En esta capilla se puede contemplar una imagen policromada del copatrón de Granada, esculpida por Bernardo de Mora. Se trata de una escultura policromada de vestir que porta la cruz patriarcal con la bandera de la orden de San Juan de Dios en una mano y en la otra un crucificado que enseña sin mirar, dando la misma importancia al enfermo y a Cristo.
Resaltan en la escultura también la corona de espinas y el nimbo sobre la cabeza, así como su expresión benevolente y tierna que invita a la devoción y al amor, tema en torno al que gira el
mensaje de toda la Basílica.
En el cuerpo superior se observa un lienzo de la Virgen María con el Niño, al igual que en el retablo de San Rafael, representando la aparición de la Virgen a San Juan de Dios en Guadalupe. Flanquean en los extremos de la capilla las figuras de San Gregorio y San Agustín.
Recientemente se han añadido en las esquinas del crucero las imágenes de los Santos Ricardo Pampuri y Juan Grande, así como la del Beato Benito Menni, obras del escultor granadino Zúñiga.
Otras capillas
Capilla de Nuestra Señora de Belén
En esta capilla resalta la bóveda pintada por Tomás Ferrer y los lienzos de los laterales del fondo, representando a San Agustín y San Romualdo de Abad, pintados por Guiaquinto.
Capilla de San Miguel
Se trata de la primera Capilla que encontramos en el lado del Evangelio. Está dedicada al Arcángel San Miguel, obra que se atribuye a los hermanos Mora. Su bóveda está pintada por Ferrer y en los laterales, al estilo de las demás capillas, encontramos flanqueando la imagen dos lienzos pintados por Guiaquinto: San Pedro y San Felipe Neri.
Capilla de San José
En la capilla dedicada a San José encontramos una talla del santo tallada por Sánchez Sarabia. Al igual que en la capilla de Nuestra Señora de Belén, la bóveda está pintada por Tomás Ferrer y los laterales están decorados con lienzos de Guiaquinto.
Capilla del Cristo de las Penas
En ella contemplamos una magnífica talla del Cristo de las Penas que data del siglo XVII y cuyo autor es desconocido. Bajo el Cristo se encuentra una Dolorosa obra de Sánchez Sarabia. Los lienzos, de Guiaquinto que lo custodian representan a San Pablo y San Antonio.
